大多数肛门癌患者可以通过外放疗与化疗结合的方法得到成功的治疗。
这种治疗方法使患者可以保持肛门约括肌的功能（肛门周围的环形肌肉），这是相较于手术治疗的一个主要优势。放疗的时间及化疗的类型取决于每个病例的具体情况。
放射治疗
放射治疗的目的是对周围组织伤害最小化的同时摧毁癌细胞。外放射治疗又称为强度调制放射治疗（IMRT），该方法准确地使用成型放射光束以精准地进行大剂量治疗。与其他传统的外放疗法相比，该方法可以产生积极的作用而带来较少的副作用。通常使用45至60戈瑞剂量的放射治疗，然而这依然需要根据肿瘤的大小，对治疗的反应及副作用来调整。通常放射治疗时间为3周以上。
化学治疗
化疗使用一种可以消灭快速分裂癌细胞的药物。针对肛门癌会使用5-氟尿嘧啶以及丝裂霉素C，由于这两种都属于放射增敏剂，因而可以增强放射治疗杀灭癌细胞的能力。
治疗的第一天使用丝裂霉素静脉大剂量注射，放射治疗开始及结束时会使用5-氟尿嘧啶。
丝裂霉素C比起5-氟尿嘧啶毒性更大，并且老年人可能很难耐受。然而，前者基本使肛门癌的局部复发率降低一半，因此增加了整体的存活率。
手术治疗
少数情况下，对于非常早期且还尚未导致肛门上皮内瘤样病变的癌症会进行手术治疗；在放射治疗之后，也会针对肛门癌的剩余癌细胞或者癌症复发情况进行手术治疗。
部分切除术
部分切除术是指去除癌细胞及少量附近的健康细胞。切除区域可能会进行缝合，或不进行缝合使伤口好似溃疡一般在6个月之后缓慢的恢复，或者是使用从大腿移植的皮肤覆盖伤口。
放射治疗之后的手术治疗
若在重复性的活检中发现残余癌细胞，或者癌症复发，则在放射治疗之后三个月可能需要进行手术。
也可能需要进行经腹会阴直肠切除术（APR）。在手术过程中，外科医生去除肛门及直肠的下部，并且在体外留有一个造口用于排泄，这又称为结肠造口术。
参考表
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UKCCCR. Anal Cancer Trial Working Party. Epidermoid anal cancer: results from the UKCCCR randomised trial of radiotherapy alone versus radiotherapy, 5-flourouracil, and mitomycin. Lancet, 1996; 348:1049-54.
