大多數肛門癌患者可以通過外放療與化療結合的方法得到成功的治療。
這種治療方法使患者可以保持肛門約括肌的功能（肛門周圍的環形肌肉），這是相較於手術治療的一個主要優勢。放療的時間及化療的類型取決於每個病例的具體情況。
放射治療
放射治療的目的是對周圍組織傷害最小化的同時摧毀癌細胞。外放射治療又稱為強度調製放射治療（IMRT），該方法準確地使用成型放射光束以精准地進行大劑量治療。與其他傳統的外放療法相比，該方法可以產生積極的作用而帶來較少的副作用。通常使用45至60戈瑞劑量的放射治療，然而這依然需要根據腫瘤的大小，對治療的反應及副作用來調整。通常放射治療時間為3周以上。
化學治療
化療使用一種可以消滅快速分裂癌細胞的藥物。針對肛門癌會使用5-氟尿嘧啶以及絲裂黴素C，由於這兩種都屬於放射增敏劑，因而可以增強放射治療殺滅癌細胞的能力。
治療的第一天使用絲裂黴素靜脈大劑量注射，放射治療開始及結束時會使用5-氟尿嘧啶。
絲裂黴素C比起5-氟尿嘧啶毒性更大，並且老年人可能很難耐受。然而，前者基本使肛門癌的局部復發率降低一半，因此增加了整體的存活率。
手術治療
對於非常早期且還尚未導致肛門上皮內瘤樣病變的癌症會進行手術治療；在放射治療之後，也會針對肛門癌的剩餘癌細胞或者癌症復發情況進行手術治療。
部分切除術
部分切除術是指去除癌細胞及少量附近的健康細胞。切除區域可能會進行縫合，或不進行縫合使傷口好似潰瘍一般在6個月之後緩慢的恢復，或者是使用從大腿移植的皮膚覆蓋傷口。
放射治療之後的手術治療
若在重複性的活檢中發現殘餘癌細胞，或者癌症復發，則在放射治療之後三個月可能需要進行手術。
也可能需要進行經腹會陰直腸切除術（APR）。在手術過程中，外科醫生去除肛門及直腸的下部，並且在體外留有一個造口用於排泄，這又稱為結腸造口術。
參考表
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UKCCCR. Anal Cancer Trial Working Party. Epidermoid anal cancer: results from the UKCCCR randomised trial of radiotherapy alone versus radiotherapy, 5-flourouracil, and mitomycin. Lancet, 1996; 348:1049-54.
