要精準的預測每個人對治療的反應程度及存活率是不可能的。然而，與不良預後有關的因素包括：陽性切除邊緣（如，腫瘤已浸潤切除邊緣）、大型腫瘤（大於5公分）、擴散至骨盆肌肉的癌症（提肛肌），以及擴散至淋巴結得癌症。
下表為AJCC對肛門癌的分期計算方式：
| T 期 | 大致分期 |
| T1 (< 2公分) | I |
| T1 (< 2公分) | IIa |
| T3 (>5公分) | IIb |
| T4 (陰道浸潤或擴散到肛門淋巴結 | IIIa |
| T4 (其他結構浸潤或擴散到腹股溝淋巴結） | IIIB |
| M1 (遠處轉移 | IV |
預後因素
大多數接受化療放療的患者有良好的預後。最重要且可靠的預後因素是癌症的大小（即T期）和是否擴散到淋巴結（即N期）。遠處擴散到其他器官（即M期）通常結果最差。
美國國家癌症數據庫中在1985-2000年期間對19,995名肛門癌患者，根據癌症分期，統計其5年存活率。
根據T和N期的5年存活率為：
| T1 (<2cm) | 90% |
| T2 (2-5cm) | 85% |
| T3 (>5cm) | 60% |
| T4 (其他結構浸潤） | 45% |
| N0（無淋巴結擴散） | 75% |
| N+（淋巴結擴散） | 55% |
| M+ (遠處轉移) | 20% |
根據AJCC分期的5年存活率為：
| Stage I | 70% |
| Stage II | 60% |
| Stage III | 40% |
| Stage IV | 20% |
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