肛門上皮內瘤樣病變是出現在肛門周圍皮膚區域的癌症前疾病。在該疾病早期階段會在皮膚第三層外層（上皮）出現異常皮膚細胞（上皮細胞），該階段稱為AIN1(也稱為低階肛鱗片上皮內損傷)。這種疾病可以惡化成AIN2,此時2/3的外層皮膚中包含異常細胞，繼而會導致AIN3，即整個皮膚層都包含異常細胞（AIN2及AIN3也稱為高階肛鱗片上皮內損傷） 。此後這些異常細胞將會越過細胞基層，即基底膜。當這種情況發生時，就形成了惡性癌症（癌症）。
風險因素
AIN的風險因素與肛門癌相同，高危人群包括免疫抑制人群（如艾滋病患者及移植手術病人）及曾經出現過肛疣的患者。
預防
現在提供給女性用於減少子宮頸癌風險的疫苗主要針對人乳頭狀瘤病毒(HPV)血清型16，18，6以及11。儘管還未經批准用於此目的，這種疫苗卻可能有助於減少還未受到人乳頭狀瘤病毒感染的高危人群中出現肛門上皮內瘤變以及患肛門癌的機率。
肛門上皮內瘤變的治療
治療目的在於消除肛門上皮內瘤變，防止肛門癌，並且盡量不對肛門機能造成影響。如今尚未有統一的治療方法，很大程度上由於肛門上皮內瘤變的自然發展過程尚未確定，該疾病嚴重程度多變，以及還沒有普遍有效治療模式這一事實。
局部外用藥
可以每日三次將含5%咪喹莫特軟膏 (Aldara ®)塗抹在患病區域，最多持續使用16週。這是一種免疫調節藥物，可以針對引發疣的病毒，並且也起到抗腫瘤的作用。有一些證據顯示該藥物不僅可以減緩AIN的惡化過程，還可以帶來恢復。曾有一項研究顯示3/4的AIN患者在治療結束時已經完全康復。該藥物也使得患有肛疣的病人疾病情況有所恢復，在一些情況下甚至完全根除人乳頭狀瘤病毒。該藥物的最大缺點是四分之一的患者在停止治療之後疾病再次復發。
該藥物的副作用包括常常是輕微程度的紅斑，“類流感”性疾病及潰爛，患者不可以在性交之前使用該藥物。一項系統性回顧顯示，由於副作用而產生不到5%未按要求用藥的情況，主要都是與性生活不協調。
患者可以每日1-2次使用局部藥物氟脲嘧啶5%(Efudix®)，最大規模的研究顯示，只有8%的患者在使用藥物9-12週的時候出現高階AIN的複發。
光動力學治療
光動力學治療是指使用軟膏（局部感光劑）如氟脲嘧啶，之後將肛門區域接觸光及氧氣以產生氧中間物，該物質可以治療患有AIN的區域。儘管很少有證據證明，但是有線索顯示該治療方法對早期AIN奏效。
紅外線光療法
紅外線光療與光動力學療法相同，只是前者僅使用比可見光長一個波長的光線。 Goldstein 及其同事首先記錄了使用紅外線光療治療AIN，他們指出2/3的病例可以得到治愈並且該方法對於防止該疾病惡化稱為癌症十分有效。
手術治療
對大面積擴散AIN3進行治療的方法存在許多爭議。最受推崇的手術治療。然而即使通過手術治療，復發的機率也依然有1/3。若進行手術治療，則過程中通常會進行局部切除或者大面積切除之後植皮。據認為，採用這些治療方法之後的高複發率與人乳頭狀瘤病毒的一直存在，多處損傷沒有完全治愈，以及整體皮膚環境的變化有關。由於大面積擴散AIN3的高複發率及其所需手術的範圍較大，許多醫生推崇僅僅採用嚴密觀察及定期活檢（3-6個月一次）的方式，從而可以及早發現早期惡性的肛門癌並因而可以儘早對其進行治療。
放射療法
放射療法對於AIN3無效，其只針對確診的肛門癌有效。
術後檢查
治療之後的複檢包括肛門鏡檢查，無論是否使用高倍分辨率的肛門鏡作為檢查工具。 AIN1患者應當在復檢過程中每隔6-12個月進行一次排泄物檢查，直至完全治愈AIN。針對AIN3，尤其是艾滋病病毒陽性患者，不論是否對其進行治療，都應當每隔3-6個月更加密切的觀察。對AIN2的複檢過程更加模糊，因為該疾病的自然發展過程存在極大的不確定性。建議應將時間間隔定為介於AIN及AIN3之間，而艾滋病病毒呈陽性患者或免疫抑制型患者的複檢過程則應更類似於AIN3的過程。
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