要精准的预测每个人对治疗的反应程度及存活率是不可能的。然而，与不良预后有关的因素包括：阳性切除边缘（如，肿瘤已浸润切除边缘）、大型肿瘤（大于5公分）、扩散至骨盆肌肉的癌症（提肛肌），以及扩散至淋巴结得癌症。
下表为AJCC对肛门癌的分期计算方式：
| T 期 | 大致分期 |
| T1 (< 2公分) | I |
| T2 (2-5公分) | IIa |
| T3 (>5公分) | IIb |
| T4 (阴道浸润或扩散到肛门淋巴结） | IIIa |
| T4 (其他结构浸润或扩散到腹股沟淋巴结） | IIIB |
| M1 (远处转移) | IV |
预后因素
大多数接受化疗放疗的患者有良好的预后。最重要且可靠的预后因素是癌症的大小（即T期）和是否扩散到淋巴结（即N期）。远处扩散到其他器官（即M期）通常结果最差。
美国国家癌症数据库中在1985-2000年期间对19,995名肛门癌患者，根据癌症分期，统计其5年存活率。
根据T和N期的5年存活率为：
| T1 (<2公分) | 90% |
| T2 (2-5公分) | 85% |
| T3 (>5公分) | 60% |
| T4 (其他结构浸润） | 45% |
| N0（无淋巴结扩散） | 75% |
| N+（淋巴结扩散） | 55% |
| M+ (远处转移) | 20% |
根据AJCC分期的5年存活率为：
| Stage I | 70% |
| Stage II | 60% |
| Stage III | 40% |
| Stage IV | 20% |
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