肛门上皮内瘤样病变是出现在肛门周围皮肤区域的癌症前疾病。在该疾病早期阶段会在皮肤第三层外层（上皮）出现异常皮肤细胞（上皮细胞），该阶段称为AIN1(也称为低阶肛鳞片上皮内损伤)。这种疾病可以恶化成AIN2,此时2/3的外层皮肤中包含异常细胞，继而会导致AIN3，即整个皮肤层都包含异常细胞（AIN2及AIN3也称为高阶肛鳞片上皮内损伤）。此后这些异常细胞将会越过细胞基层，即基底膜。当这种情况发生时，就形成了恶性癌症（癌症）。
风险因素
AIN的风险因素与肛门癌相同，高危人群包括免疫抑制人群（如艾滋病患者及移植手术病人）及曾经出现过肛疣的患者。
预防
现在提供给女性用于减少子宫颈癌风险的疫苗主要针对人乳头状瘤病毒(HPV)血清型16，18，6以及11。尽管还未经批准用于此目的，这种疫苗却可能有助于减少还未受到人乳头状瘤病毒感染的高危人群中出现肛门上皮内瘤变以及患肛门癌的几率。
肛门上皮内瘤变的治疗
治疗目的在于消除肛门上皮内瘤变，防止肛门癌，并且尽量不对肛门机能造成影响。如今尚未有统一的治疗方法，很大程度上由于肛门上皮内瘤变的自然发展过程尚未确定，该疾病严重程度多变，以及还没有普遍有效治疗模式这一事实。
局部外用药
可以每日三次将含5%咪喹莫特软膏 (Aldara ®)涂抹在患病区域，最多持续使用16周。这是一种免疫调节药物，可以针对引发疣的病毒，并且也起到抗肿瘤的作用。有一些证据显示该药物不仅可以减缓AIN的恶化过程，还可以带来恢复。曾有一项研究显示3/4的AIN患者在治疗结束时已经完全康复。该药物也使得患有肛疣的病人疾病情况有所恢复，在一些情况下甚至完全根除人乳头状瘤病毒。该药物的最大缺点是四分之一的患者在停止治疗之后疾病再次复发。
该药物的副作用包括常常是轻微程度的红斑，“类流感”性疾病及溃烂，患者不可以在性交之前使用该药物。一项系统性回顾显示，由于副作用而产生不到5%未按要求用药的情况，主要都是与性生活不协调。
患者可以每日1-2次使用局部药物氟脲嘧啶5%(Efudix®)，最大规模的研究显示，只有8%的患者在使用药物9-12周的时候出现高阶AIN的复发。
光动力学治疗
光动力学治疗是指使用软膏（局部感光剂）如氟脲嘧啶，之后将肛门区域接触光及氧气以产生氧中间物，该物质可以治疗患有AIN的区域。尽管很少有证据证明，但是有线索显示该治疗方法对早期AIN奏效。
红外线光疗法
红外线光疗与光动力学疗法相同，只是前者仅使用比可见光长一个波长的光线。Goldstein 及其同事首先记录了使用红外线光疗治疗AIN，他们指出2/3的病例可以得到治愈并且该方法对于防止该疾病恶化称为癌症十分有效。
手术治疗
对大面积扩散AIN3进行治疗的方法存在许多争议。最受推崇的手术治疗。然而即使通过手术治疗，复发的几率也依然有1/3。若进行手术治疗，则过程中通常会进行局部切除或者大面积切除之后植皮。据认为，采用这些治疗方法之后的高复发率与人乳头状瘤病毒的一直存在，多处损伤没有完全治愈，以及整体皮肤环境的变化有关。由于大面积扩散AIN3的高复发率及其所需手术的范围较大，许多医生推崇仅仅采用严密观察及定期活检（3-6个月一次）的方式，从而可以及早发现早期恶性的肛门癌并因而可以尽早对其进行治疗。
放射疗法
放射疗法对于AIN3无效，其只针对确诊的肛门癌有效。
术后检查
治疗之后的复检包括肛门镜检查，无论是否使用高倍分辨率的肛门镜作为检查工具。AIN1患者应当在复检过程中每隔6-12个月进行一次排泄物检查，直至完全治愈AIN。针对AIN3，尤其是艾滋病病毒阳性患者，不论是否对其进行治疗，都应当每隔3-6个月更加密切的观察。对AIN2的复检过程更加模糊，因为该疾病的自然发展过程存在极大的不确定性。建议应将时间间隔定为介于AIN及AIN3之间，而艾滋病病毒呈阳性患者或免疫抑制型患者的复检过程则应更类似于AIN3的过程。
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